Selama dekade 1990an, Garuda Indonesia melakukan peremajaan armada dengan melakukan pembelian armada pesawat 9 unit McDonnell-Douglas MD-11 yang datang pada tahun 1991 untuk mengganti peran sebagai Pesawat Douglas DC-10, yang diikuti oleh berbagai seri keluarga Boeing 737 Classic yang datang tahun berikutnya, sebagai pengganti DC-9, serta Boeing 747-400 yang datang tahun 1994, dengan skema pembelian yang terdiri dari 2 dibeli langsung dari Boeing, 1 dibeli dari Varig dan Airbus A330-300 yang datang tahun 1996. Pada masa ini juga, Garuda Indonesia mengalami dua musibah besar yang terjadi di dua tempat yang memakan korban dalam jumlah yang cukup besar, yaitu peristiwa Garuda Indonesia Penerbangan 865 yang terbang dari Fukuoka, Jepang, dan satunya lagi terjadi pada pesawat Garuda Indonesia Penerbangan 152 yang bertempat kejadiankan di Desa Sibolangit, Sumatera Utara. Musibah yang kedua ini menewaskan seluruh penumpangnya, disamping itu, maskapai ini sejak 1997 juga terkena imbas Krisis Finansial Asia yang juga membuat keuangan Indonesia menjadi lesu. Hal ini membuat Garuda harus memotong semua rute yang tidak menguntungkan, terutama rute jarak jauh menuju ke Eropa maupun Amerika. Disamping menutup rute jarak jauh yang tidak menguntungkan, maskapai ini juga melakukan penyesuaian ulang terhadap rute domestik yang ada, serta mengganti jumlah pesawat yang sudah tua secara bertahap dengan menjual, mengalihkan dan memensiunkan armada Fokker F28 dan Airbus A300 yang ada.